Bà là con gái của hai nghệ sĩ: Grace Nnaggenda và nhà điêu khắc và họa sĩ Đông Phi nổi tiếng Francis Nnaggenda. Bà cho biết cha mẹ bà, đặc biệt là cha bà, khuyến khích bà đóng góp tài năng nghệ thuật của mình vào kiến ​​trúc.[1] Bà học trường tiểu học Nakasero và sau đó là Trinity College Nabbingo, tiếp đó là trường trung học Makerere.[2] Tại thời điểm này không có khóa học kiến ​​trúc tại các trường đại học Uganda vì vậy bà đã dành thời gian từ năm 1989 đến 1995 ở Nga và Ukraina sau khi nhận được học bổng du học tại Liên Xô cũ.[1] Phần lớn thời gian ở nước ngoài của bà là tại Đại học Kỹ thuật Xây dựng và Kiến trúc Kharkov, nơi Nnaggenda-Musana có bằng thạc sĩ về kiến ​​trúc.